Erst wenn man die Vögel einbezieht, entsteht ein Monophylum, das nennt man aber nicht Reptilia, sondern Sauropsida. Dieser Begriff ist nicht mit der alltagssprachlichen Gruppierung „Saurier“ für ausgestorbene Landwirbeltiere zu verwechseln. Zusammen mit den Sauropsida haben die Säugetiere einen gemeinsamen Vorfahren b, so entsteht eine nochmals erweiterte Abstammungsgruppe, das Monophylum Amniontiere. Das sind Tiere, deren Embryonen sich in einer Hülle entwickeln und vom Wasser unabhängig sind.
Die Begriffe „Reptilien“ und „Saurier“ meidet man in der biologischen Fachsprache bei einem phylogenetischen Stammbaum, weil es keine geschlossenen Abstammungsgruppen sind. Trotzdem ist der Begriff „Reptilien“ wertvoll, wenn man Baupläne und Lebensformen innerhalb der Wirbeltiere miteinander vergleichen möchte. Im Biologieunterricht ist er vor allem dann hilfreich, wenn Vorkenntnisse zur Evolutionstheorie und zum Unterschied zwischen Homologie und Analogie noch fehlen.
